A nivel de clubes, ha ganado la Superliga de Turquía con el İstanbul Başakşehir en la temporada 2019-20. Con la selección de Burundi, ha sido un jugador clave en las eliminatorias para la Copa Africana de Naciones y la Copa del Mundo.
Youssouf Ndayishimiye es un defensa central burundés que actualmente juega en el OGC Nice de la Ligue 1. Comenzó su carrera profesional en el AS Vita Club de la República Democrática del Congo antes de trasladarse a Europa para jugar en el İstanbul Başakşehir de Turquía. En 2023, fichó por el OGC Nice, donde se ha consolidado como un pilar en la defensa del equipo francés.
Ndayishimiye es un defensor central fuerte y agresivo, conocido por su capacidad para anticipar jugadas y su excelente juego aéreo. Su principal debilidad es la velocidad en espacios abiertos, pero compensa con una buena lectura del juego y una gran determinación en los duelos. Tácticamente, se desempeña mejor en una defensa en línea, donde puede usar su físico para dominar a los delanteros rivales.